Génomique Microbienne
3 ECTS / 30 heures de cours (CM-TD -TP)
L’UE Génomique Microbienne fait partie du socle commun du Semestre 1.
Avec la démocratisation du séquençage à haut débit, et l’accumulation notamment de données de génomique et de transcriptomique dans le monde microbien, il est essentiel pour un étudiant de Master de maitriser un certain nombre de concepts fondamentaux. Dans cette UE de Génomique adaptée aux étudiants Microbiologistes, nous adresserons et approfondirons :
- Les méthodes de séquençage 2ème et 3ème génération
- L’assemblage et l’annotation des génomes bactériens
- Le transfert horizontal de gènes : de leur détection à leur importance dans l’évolution
- Les approches omiques : RNAseq, ChIpSeq, TnSeq comme outil de transcriptomique
The microbial genomic module is part of the core curriculum for Semester 1.
With the democratization of high-throughput sequencing, and the accumulation of genomic and transcriptomic data in the microbial world, it is essential for a microbiology student to master a number of fundamental concepts. In this Genomics course, adapted to Microbiology students, we will address the following topics in greater depth:
- 2nd and 3rd generation sequencing methods
- Assembly and annotation of bacterial genomes
- Horizontal gene transfer: from detection to evolutionary significance
- Omic approaches such as RNAseq, ChIpSeq and TnSeq.
Ces cours seront illustrés et complétés par des séances de travaux dirigés. Un TP de 4 heures sera dédié à la manipulation de données de RNAseq et permettra aux étudiants de mettre en application les méthodes décrites en cours.